O controle do trânsito de vegetais enfoca a fiscalização desse trânsito, com barreiras fitossanitárias portuárias nos municípios de Macapá e Santana. Mantém ainda, uma Barreira Fitossanitária no Aeroporto Internacional de Macapá – Alberto Alcolumbre.
Essas fiscalizações são especialmente direcionadas para a fiscalização do trânsito interestadual de frutos hospedeiros da mosca-da-carambola, como controle de saída da praga para outros estados.